I - FISIOLOGIA E TECNOLOGIA DA PRODUÇÃO VEGETAL
Esta linha compreende o estudo das variáveis fisiológicas e ambientais envolvidas na produção vegetal, efeitos sobre a planta e seus produtos

II - GENÉTICA E BIOTECNOLOGIA
Análise da variabilidade genética, multiplicação, criação, avaliação e conservação dos recursos genéticos vegetais in vitro. Transformação genética de plantas. Análise da expressão gênica em plantas modelo e em plantas de interesse agronômico. Genômica funcional. Bioinformática.

III - SOLOS E NUTRIÇÃO DE PLANTAS 
Esta linha compreende pesquisas envolvendo o desempenho de culturas agrícolas com relação ao manejo da qualidade química, física e biológica de solo, dentro de fundamentos conservacionistas de recursos ambientais.